En marzo de 2017, Pablo Aguilar, entonces jugador de las Águilas, dio un cabezazo a Fernando Hernández al final del partido ante Tijuana dentro de la Copa MX por lo que se hizo acreedor a 10 partidos oficiales de sanción.
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Luego de aquella sanción, la cual el gremio arbitral consideró que se quedó corta, por lo que se negaron a presentarse en la Jornada 10 del Clausura 2017 y que generó una pérdida cercana a 50 millones de pesos.
En el Clausura 2020, Jesús Molina criticó el arbitraje que tuvo Chivas ante Tigres, ya que se marcó un penal a favor de los felinos que antes no se hizo en una jugada similar para el Rebaño y le obligó a declarar que se enfrentaron a un gran equipo que no necesita ayuda.
El caso más reciente fue el de Miguel Herrera, quien dijo que Fernando Hernández se burló de sus jugadores después de un penal en contra el pasado 13 de agosto, aunque las Águilas lograron la victoria por 3-1.
Como central, Fernando Hernández Gómez tiene su historial 11 juegos pitados al América en Liga BBVA MX, con saldo de seis triunfos, tres empates y dos derrotas para el cuadro de Coapa.
En tanto, en duelos en los que pitó partidos a Chivas, el Rebaño tiene saldo de siete ganados, dos empatados y cuatro perdidos en 13 enfrentamientos con él como juez.
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