Debutó en el Atlante en 1996 y luego tomó al Pachuca en 1998, con el que salió campeón de Primera División en el Invierno 1999 frente al Cruz Azul de Luis Fernando Tena.
Su buena labor al frente de los Tuzos le permitió dirigir a la Selección Mexicana para llevarla a la Copa del Mundo de 2002. Más tarde tuvo una segunda etapa con el Tri en 2009, además de que llegó a dirigir a Japón y Egipto en 2014 y 2018, de manera respectiva.
Osasuna fue el primer equipo que le abrió las puertas en la Liga de España en 2002, donde permaneció hasta 2006 y con el que llegó a disputar una Final de la Copa del Rey.
Sus bonos se elevaron cuando fichó en 2006 con el Atlético de Madrid. Posteriormente también dirigió al Real Zaragoza y Espanyol en España. Luego de su paso por el combinado de Japón tomó el mando del Al-Wahda, de Emiratos Árabes Unidos con el que ganó tres títulos.
Su último equipo fuera de México fue el Leganés, a quien tomó a finales de 2019 hasta el final de la temporada en 2020, donde se jugó hasta el último partido de la competición la permanencia en el máximo circuito, pero sin conseguirlo tras empatar con Real Madrid en la Jornada 38.
Así, de dirigir al Real Madrid, Aguirre está a la espera de quién será su primer rival en duelo oficial en su vuelta al futbol mexicano, donde tratará de demostrar sus credenciales a lo largo de estas últimas dos décadas en el exterior y que en algún momento puede enfrentar a Ignacio Ambriz, quien llegó a ser su auxiliar técnico en España.
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